In de nabije toekomst, in een wereld die draait op zonne-energie, houdt de zon plotseling op te bestaan. Zonder elektriciteit duurt het niet lang alvorens er overal chaos uitbreekt, terwijl de aarde langzaam begint af te koelen.
Een team van zeven onderzoekers heeft software ontwikkeld die in staat is om fysieke gebeurtenissen te voorspellen. De laatste test, de voorspelling van het exacte aantal fragmenten bij een val van een glas, was een succes.
Malorie ontsnapt uit een psychiatrische inrichting zonder zich te herinneren waarom ze daarheen is gestuurd. Ze belandt bij Fortuna Lake, waar ze de visioenen die haar achtervolgen, probeert te ontwijken en ondertussen het mysterie van haar black-out probeert op te lossen.
In 20XX wemelt het in Japan van de cyborgs. Mensen ontwikkelden de kunstmatige intelligentie JUDAH om de aarde te beschermen. JUDAH begon echter mensen aan te vallen omdat ze een nucleaire oorlog aan het voorbereiden waren en de ware vijanden van de aarde waren. De strijd tussen mensen en cyborgs maakte Japan met de grond gelijk. Een militair bedrijf begon met de ontwikkeling van een geheim wapen. Voordat het wapen af was, werd het gestolen. Als het wapen af is, zal er een laatste oorlog uitbreken. De burgerwachten van het "Verzet" voelen het gevaar en komen in opstand. Ondertussen zijn mensen na hun dood in moordwapens veranderd. Deze cyborgs, waaronder Chris, zijn hun geheugen kwijt. Op een dag heeft Chris een noodlottige ontmoeting met een mysterieus meisje, Sara. Het mysterieuze meisje, Sara, was echter het laatste wapen, SARA.
2112; de zomer voordat Akane Tsunemori werd toegewezen aan Divisie Eén van de afdeling Recherche van het Openbaar Veiligheidsbureau. Teppei Sugo, een ervaren piloot van de 15e Integrated Task Force van het Defensieleger, sluit zich aan bij de militaire operatie in Okinawa. Drie maanden later opent een onbemande gevechtsdrone het vuur op het Ministerie van Defensie in Tokio. Handhaver Tomomi Masaoka van CID Division One wordt naar de militaire basis van Sugo gestuurd om de waarheid achter deze zaak te onderzoeken.
De studente Tree Gelbman heeft na vele mislukte pogingen haar moordenaar gevonden en haar verjaardag overleefd. Samen met haar vriend Carter probeert ze de draad van haar leven weer op te pakken.